Twaalf jaar voor de gebeurtenissen van de manga/anime, verschijnt de "Kyuubi" ("Engels: Nine-Tails Demon Fox"), die het dorp van Naruto, "Konohagakure" ("Hidden leaf village", een dorp waarin vrijwel alle inwoners zijn opgeleid om als ninja missies uit te voeren) aanvalt. Het beest stond bekend als een krachtige demon; Hij was een "natural disaster" (met een staartzwiep zou hij tsunami's veroorzaken en sloeg hij bergen plat). Het was een chaos: mensen werden afgeslacht en hun huizen werden vernield, totdat the leider van Konohagakure (of korter: Konoha - "Blad") zichzelf opofferde. Hij was de Vierde Hokage, de leider en sterkste inwoner van het dorp. Hij gebruikte een geheime "Jutsu" (techniek) om de Kyuubi te verzegelen in een pasgeboren kind, waarbij hij zelf zijn leven zou verliezen. Dat kind was zijn eigen zoon, Uzumaki Naruto.

De Vierde Hokage (Yondaime) werd herinnerd als een held omdat het dorp nu voor eeuwig gered zou zijn van de Kyuubi. De mensen in het dorp waren gelukkig, maar één daarvan niet; Naruto. Niemand waardeerde hem ooit als een volwaardige jongen, of wilde zijn goede eigenschappen maar zien. Dit kwam omdat de inwoners wisten dat hij de Kyuubi bij zich droeg, het monster waaraan iedereen in het dorp wel een vriend of familielid had verloren. Een overeenkomst werd gesloten door de Derde Hokage (deze was Hokage geweest vóór de aanstelling van de Vierde, en nam na zijn dood de plaats van Hokage weer in) wat inhield dat niemand, maar dan ook niemand mocht spreken over de Kyuubi in Naruto, omdat Naruto zelf van niets wist, en omdat de Hokage ook hoopte dat iedereen de Kyuubi zou vergeten. De kinderen van het dorp wisten daarom niet waarom Naruto zo gehaat was door hun ouders, maar kopieerden hun gedrag. Als resultaat dat Naruto opgroeide als wees, op zichzelf wonend, zonder vrienden of familie. Hij kon maar geen vrienden maken, dus zocht hij aandacht door misplaatste grappen te maken en kattenkwaad uit te halen. Dat veranderde snel nadat Naruto afstudeerde van de "Ninja Academy". Dit door zijn "Kage Bunshin no Jutsu" ("Shadow Clone Technique") te gebruiken, om zijn leraar, "Umino Iruka", te redden van de slechte ninja "Mizuki". Vanaf die tijd leerde Naruto twee dingen, één dat Kyuubi in hem opgesloten zat, en twee dat er tóch iemand was die om hem gaf (zijn leraar Iruka). Deze vroege gebeurtenissen leiden tot de verdere gebeurtenissen uit de manga/anime.

"Naruto" is een "mix" tussen drama en komedie met veel actie. De animeserie volgt Naruto en zijn vrienden op pad om zelf Hokage te worden. Naruto vindt twee vrienden en kameraden in "Uchiha Sasuke" en "Haruno Sakura", twee ninja's van zijn leeftijd die ingedeeld zijn in een driemansteam, met als sensei (mentor) "Hatake Kakashi". Samen vormen zij "Team 7". Door het verhaal heen leert Naruto meer vrienden en jutsu's (technieken) kennen, om zo zijn droom, de volgende Hokage te worden, te verwezenlijken.

Het verhaal begint echter pas echt tijdens het "Chuunin" (letterlijk: Middelste Ninja) examen. Naruto, Sakura en Sasuke nemen eveneens deel aan dit examen. Tijdens een van de voorselecties van het examen komen de hoofdpersonages in contact met een van de belangrijkste antagonisten van de anime, Orochimaru. Hij is uit op het enorme potentiële kracht van Uchiha Sasuke, door diens Sharingan (letterlijk: Rood oog), en op de vernietiging van Konoha. Tijdens een van de proeven komen Sasuke en Sakura in gevecht met Orochimaru, die zich voordoet als een "Sound Ninja". Hierbij bijt hij Sasuke in de nek waardoor deze het "Cursed seal" (Vervloekte Zegel) krijgt. Deze zegel geeft de drager een enorme boost in kracht, bij Sasuke komt deze vrij als hij zijn Sharingan gebruikt. Tijdens het eigenlijke "Chuunin" examen vermomd Orochimaru zich als de Kazekage (Letterlijk : "Wind Schaduw") en voert een verrassingsaanval uit op Konoha. Hierbij vecht hij met zijn oude leermeester de Derde Hokage, Sarutobi. Sarutobi verliest zijn leven tijdens het gevecht, doch net voor hij sterft slaagt hij erin met een verboden techniek Orochimaru's vaardigheden te verzegelen. Na zijn dood gaat Naruto samen met Jiraiya op zoek naar Tsunade om de plaats van Vijfde Hokage in te nemen. Orochimaru slaagt er uiteindelijk in Sasuke te misleiden om zich bij hem aan te sluiten. Sasuke verlaat Konoha uit een drang naar onbeperkte kracht. Deze heeft hij nodig om zijn broer "Uchiha Itachi" te kunnen vermoorden omdat hij, toen Sasuke nog jong was, de hele Uchiha familie heeft vermoord behalve Sasuke zelf. Dit deed hij omdat geheime organisaties bang waren dat de Uchiha familie met hun Sharingan te sterk zouden worden en een gevaar zouden vormen voor Konoha. Na het uitmoorden van de Uchiha familie sluit Itachi zich aan bij "Akatsuki"(letterlijk: ochtend) met als doel zicht te kunnen houden op Konoha, wat afwijkt van het centrale doeleinde van Akatsuki. Doorlopend door de anime proberen Naruto en Sakura samen met hun vrienden Sasuke te vinden en hem terug naar Konoha te brengen.